Kıl, Honamlı ve Kabakulak Keçilerinde CMTM2 ve CSN1S1 Genlerinde Çoklu Doğumla İlişkili InDel Varyantların Belirlenmesi
DOI:
https://doi.org/10.24925/turjaf.v12i9.1577-1582.7087Anahtar Kelimeler:
CMTM2- Çoklu doğum- Kazein- Keçi- Moleküler genotipleme- PZRÖzet
Alfa S1 kazein (CSN1S1) ve CKLF benzeri MARVEL transmembran alanı içeren protein 2 (CMTM2) gen bölgelerinde meydana gelen insersiyon ve delesyon (InDel) gibi varyasyonlar keçilerde bir batında doğan yavru sayısını etkileyebilmektedir. Bu çalışmada ilk defa Kıl (KIL, 66 örnek), Honamlı (HNM, 74 örnek) ve Kabakulak (KBK, 70 örnek) keçilerinde CSN1S1 ve CMTM2 genlerindeki InDel varyasyonların belirlenmesi için toplam 210 hayvan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle genotiplendirilmiştir. Her iki gen bakımından tüm keçi populasyonlarının polimorfik bulunduğu çalışmada CSN1S1 geninde bir batında doğan yavru sayısı için avantaj sağlayan genotip (II) frekansı 0,10 (KBK) ile 0,12 (HNM ve KIL) aralığında değişmiştir. CSN1S1 geni için en düşük ve en yüksek gözlenen heterozigotluk (H0) değeri sırasıyla KBK (0,53) ve KIL (0,65) keçilerinde tespit edilmiştir. CMTM2 geni için II genotip frekansı 0,09 (KIL) ile 0,29 (KBK) aralığında değişirken, HO değerinin 0,415 (KIL) ile 0,585 (KBK) aralığında değiştiği belirlenmiştir. Çalışılan her iki gen bölgesi içinde tüm populasyonların Hardy-Weinberg dengesinde olduğu tespit edilmiştir. Çalışmadan elde edilen sonuçlar HNM, KIL ve KBK keçilerinde CSN1S1 ve CMTM2 genleri için istenilen genotip olan II’nın değişen frekanslarda olduğunu ve yeterli genetik varyasyonun bulunduğunu göstermektedir. Bu nedenleCSN1S1 ve CMTM2 gen bölgelerindeki varyasyonların çalışılan yerli keçi ırklarında bir batında doğan yavru sayısının artırılması için yapılacak Marker Destekli Seleksiyon (MDS) çalışmalarında kullanılabileceği düşünülmektedir
Referanslar
Ağyar, O., & Kırıkçı, K. (2022). Investigation of FecXI mutation by PCR-RFLP method in Awassi sheep breed. Bahri Dağdaş Hayvancılık Araştırma Dergisi, 11, 88-93.
Aslan, M., Demir, E., & Karslı, T. (2022). Microsatellite diversity and restriction enzyme-based polymorphisms of MHC loci in some native Turkish goats. Journal of Agricultural Sciences, 28, 626-634. https://doi.org/10.15832/ankutbd.924222
Atay, S., Yurdagül, K. G., Bilginer, Ü., Karslı, T., & Demir, E. (2023). InDel variations of PRL and GHR genes associated with litter size in Pirlak sheep breed. Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi, 20, 890-897. https://doi.org/10.33462/jotaf.1226643
Ayçiçek, S. T. (2023). Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde immunhistokimyasal CMTM6 ve PD-L1’in klinikopatolojik ve prognostik önemi. (Tez No. 777208) [Tıpta Uzmanlık Tezi, Necmettin Erbakan Üniversitesi). Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Bozkaya, F., Gurler, S., & Yerturk, M. (2013). Genetic variability of CSN1S1 gene in goat populations raised in Southeastern Region of Turkey. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 19, 147-152. https://doi.org/10.9775/kvfd.2012.7402
Cui, Y., Yan, H., Wang, K., Xu, H., Zhang, X., Zhu, H., Liu, J., Qu, L., Lan, X., & Pan, C. (2018). Insertion/deletion within the KDM6A gene is significantly associated with litter size in goat. Frontiers in Genetics, 9, 91. https://doi.org/10.3389/fgene.2018.00091
Çelikeloğlu, K., Tekerli, M., Erdoğan, M., Koçak, S., Hacan, Ö., & Bozkurt, Z. (2021). An investigation of the effects of BMPR1B, BMP15, and GDF9 genes on litter size in Ramlıç and Dağlıç sheep. Archives Animal Breeding, 64, 223-230. https://doi.org/10.5194/aab-64-223-2021
Demir, E. (2024). Microsatellite-based bottleneck analysis and migration events among four native Turkish goat breeds, Archives Animal Breeding, 67, 353–360. https://doi.org/10.5194/aab-67-353-2024
Demir, E., Karslı, B. A., Karslı, T., & Balcioğlu, M. S. (2020). Determination of SacII and MboII polymorphisms in the Nerve Growth Factor (NGF) gene in four native Turkish goat populations. Mediterranean Agricultural Sciences, 33, 145-148. https://doi.org/10.29136/mediterranean.633476
Demirbaş, N., Tosun, D., & Taşkın, T. (2009). AB üyesi kimi Akdeniz ülkeleri ve Türkiye’de koyun-keçi üretim ve dış ticareti. Hayvansal Üretim, 50, 45-53.
Erduran, H., & Kırbaş, M. (2010). Hair goat breeding and improvement studies in Konya province. National Goat Congress, Çanakkale, 193-197.
Gedik, Y. (2023). Investigation for mutation in BMPR-1B (FecB) fecundity gene in Awassi sheep. Selcuk Journal of Agriculture and Food Sciences, 37, 242-247.
Günlü, A., & Alaşahan, S. (2010). Türkiye’de keçi yetiştiriciliği ve geleceği üzerine bazı değerlendirmeler. Veteriner Hekimler Dergisi, 81, 15-20.
He, L., Kang, Z., Kang, Y., Xiang, W., Pan, C., Chen, H., Zhu, H., Qu, L., Lan, X., & Song, X. (2020). Goat CMTM2: mRNA expression profiles of different alternative spliced variants and associations analyses with growth traits. 3 Biotech, 10, 1-10. https://doi.org/10.1007/s13205-020-2125-6
Kang, Z., Zhang, S., He, L., Zhu, H., Wang, Z., Yan, H., & Pan, C. (2019). A 14-bp functional deletion within the CMTM2 gene is significantly associated with litter size in goat. Theriogenology, 139, 49-57. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2019.07.026
Karadağ, O. (2016). Honamlı keçisinin bazı morfolojik özellikleri döl verimi ve kazein genleri polimorfizmi bakımından incelenmesi. (Tez No. 420333) [Doktora Tezi, Namık Kemal Üniversitesi]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Karslı, T., & Balcıoğlu, M. S. (2010). An investigation of presence of FecB allele on BMPR-IB (Booroola) gene raised in Turkey in six local sheep breeds using PCR-RFLP method. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 16, 1033-1036.
Karslı, T., Şahin, E., Karslı, B. A., Eren, M. G., & Balcıoğlu, M. S. (2011). Kangal ve Güney Karaman koyunlarında FecB, FecXG, FecXH allellerinin PZR-RFLP yöntemi kullanılarak araştırılması. Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü Dergisi, 51, 71-80.
Karslı, T., Şahin, E., Karslı, B. A., Alkan, S., & Balcıoğlu, M. S. (2012). An investigation of mutations (FecXG, FecXI, FecXH, FecXB) on BMP-15 gene in some local sheep breeds raised in Turkey. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 25(1), 29-33.
Karslı, T., Demir, E., Fidan, H. G., Aslan, M., Karslı, B. A., Arik, I. Z., Sahin Semerci, E., Karabag, K., & Balcioglu, M. S. (2020). Determination of genetic variability, population structure and genetic differentiation of indigenous Turkish goat breeds based on SSR loci. Small Ruminant Research, 190, 106147. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2020.106147
Kirikçi, K. (2023). Investigation of BMP15 and GDF9 gene polymorphisms and their effects on litter size in Anatolian sheep breed Akkaraman. Turkish Journal of Veterinary & Animal Sciences, 47, 248-254. https://doi.org/10.55730/1300-0128.4292
Li, M., Luo, F., Tian, X., Yin, S., Zhou, L., & Zheng, S. (2020). Chemokine-like factor-like MARVEL transmembrane domain-containing family in hepatocellular carcinoma: latest advances. Frontiers in Oncology, 10, 595973. https://doi.org/10.3389/fonc.2020.595973
Miller, S., Dykes, D., & Plesky, H. A. (1988). Simple salting out procedure for extracting DNA from human cells. Nucleic Acids Research, 16, 1215-1215.
Rahmatalla, S. A., Arends, D., & Brockmann, G. A. (2022). Genetic and protein variants of milk caseins in goats. Frontiers in Genetics, 13, 995349. https://doi.org/10.3389/fgene.2022.995349
TÜIK. (2023). Türkiye İstatistik Kurumu, İstatistik Tablolar, Hayvansal Üretim İstatistikleri (Yıllık), Küçükbaş Hayvan Sayıları. https://data.tuik.gov.tr/Kategori/GetKategori?p=tarim-111&dil=1 (Erişim Tarihi: 06.05.2024).
Wang, K., Yan, H., Xu, H., Yang, Q., Zhang, S., Pan, C., Chen, H., Zhu, H., Liu, J., Qu, L., & Lan, X. (2018). A novel indel within goat casein alpha S1 gene is significantly associated with litter size. Gene, 671, 161-169. https://doi.org/10.1016/j.gene.2018.05.119
Yeh, F. C., Yang, R. C., Boyle, T. B. J., Ye, Z. H., & Mao, J. X. (1997). POPGENE, the user-friendly shareware for population genetic analysis. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.
İndir
Yayınlanmış
Nasıl Atıf Yapılır
Sayı
Bölüm
Lisans
Bu çalışma Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License ile lisanslanmıştır.
