DNA Dizileme Temelli Haplotip Analizlerinde Kullanılan Bazı Yazılımlar

Özet

Genetik kaynakların ve çeşitliliğin belirlenmesi ıslah programlarının ilk adımını teşkil eder. İstenilen özelliklerin seleksiyonuna başlamadan önce mevcut genetik potansiyelin belirlenmesini ve genotipik değerlerin tespitini sağlayan birçok moleküler yöntem kullanılmaktadır. PCR teknolojisine dayalı birçok moleküler yöntem (RAPD, RFLP, AFLP, SSR ve DNA dizi analizi vb.) kullanılarak popülasyonlarının tanımlanması, verim ve direnç ile ilgili genlerin belirlenmesi, filogenetik ilişkilerin ortaya konulması gibi konularda yoğun çalışmalar sürdürülmektedir. Buna paralel olarak moleküler yöntemlerden sağlanan veri setlerinin analizleri için birçok yazılım geliştirilmiş ve biyoinformatik bilim alanı doğmuştur. Bu çalışmada, DNA dizi analizleri sayesinde SNP‘lerin (Single Nucleotide Polymorphism‘s=Tek Nükleotid Polimorfizm) belirlenerek haplotip analizlerinin yapılması, popülasyonlar arası ve popülasyonlar içi genetik uzaklıkların hesaplanması ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesi için kullanılan bazı yazılımlar ve analizleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır.