Gen Dizilerinde (cDNA Mikroarray) Temel Bileşenler Analizinin Uygulanması

Özet

Bu çalışmada, farelerin karaciğerleri üzerine belirli zaman periyotlarında uygulanmış olan, toksikolojik çalışmalardan alınan ve cDNA mikrodizi teknolojisi kullanılarak elde edilen 6675 gen ve 20 dizi içeren verilere temel bileşenler analizi uygulanmıştır. cDNA teknolojisi kullanılarak, birbirine benzer ifade profilleri ile gen gruplarının oluşturulması ve gruplar içerisindeki benzer bileşen (component) yükleri vasıtasıyla birbirleriyle ilişkili genlerin tanımlanması açıklanmıştır. Bunun yanı sıra aynı veri kümesine ait korelasyon matrisinden faktörlerin ayrıştırılması ve yorumu hakkında bilgiler verilmiştir. Kullanılan veri seti içinde, bütün veri yapısın izah edebilecek daha az sayıda bileşene indirgemek için temel bileşen sayısına karar verme yöntemlerinden birkaçı değerlendirilmiştir. Bu yöntemlere göre ilk 9 temel bileşenin bütün yapının varyansını açıklamaya yeterli olduğu düşünülürse bu durumda %20,79 oranında bir varyans kaybı ile 20 temel bileşen yerine 9 temel bileşen ile açıklamanın yeterli olduğu düşünülmektedir.