Çerezlik Kabak (Cucurbita pepo L.) popülasyonlarında yeni SSR markörlerinin geliştirilmesi ile genetik çeşitlilik analizi

Özet

Cucurbitaceae familyası, dünya çapında ekonomik değer ve besin değeri açısından önemli birçok türü içerir. Son yıllarda yapılan moleküler genetik araştırmalara rağmen tarımsal öneme sahip kabak Cucurbita pepo L. türü ile ilgili genom bilgisi oldukça sınırlıdır. Bu çalışmanın esas amacı, genom spesifik markör sayısı son derece az olan kabak genomuna özgün yeni ve çok sayıda SSR markörlerinin (Basit Dizi Tekrarları) geliştirilmesidir. Kabak referans genomu tekrar motifleri açısından biyoinformatik araçlar ile taranmış ve kabak genomuna spesifik toplam 76744 adet aday SSR lokusu bulunmuştur. Çalışma kapsamında ilk kez çerezlik kabak kromozomlarını kapsayacak şekilde toplam 52303 adet SSR markörü geliştirilmiş ve üretilen markörlere ait bilgiler veri tabanlarına yüklenmiştir. Bu çalışmada, en fazla rastlanan SSR motiflerinin çoğunluğu AT/AT bakımından zengin olan di-nükleotit tekrarları olarak tespit edilmiştir. Geliştirilen yeni SSR markörlerin amplifikasyon durumu ve polimorfik bant üretme gücünü test etmek amacı ile 39 adet çerezlik kabak (Cucurbita pepo L.) genotipinden oluşan bir koleksiyon karakterize edilmiş ve SSR alelleri, var/yok (1/0) şeklinde skorlanmış olup veri dosyası DARwin6 programında genetik çeşitlilik analizlerine tabi tutulmuştur. Çalışma sonuçları ile, kabak genomiğine önemli moleküler genetik markörler kazandırılarak ilerde yapılacak moleküler ıslah ve haritalama çalışmaları için önemli bilgiler kazandırılabileceği düşünülmektedir.